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Detect-seq技术在尊龙凯时的生物医疗应用中实现CBE脱靶检测

发布时间:2025-02-11   信息来源:池琪成

胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine Base Editor, CBE)是一种新型的基因编辑工具,主要由四个关键成分组成:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(cytidine deaminase)和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI)。在细胞内,这些成分能够高效组装成融合蛋白。该融合蛋白在sgRNA的引导下识别并结合基因组DNA,使靶向序列以单链结构的形式展现。随后,胞嘧啶脱氨酶将单链上的胞嘧啶(C)脱氨转化为尿嘧啶(U),借助DNA复制或修复机制将U转变为胸腺嘧啶(T),最终实现C-G碱基对到T-A碱基对的精准替换。

Detect-seq技术在尊龙凯时的生物医疗应用中实现CBE脱靶检测

在CBE作用机制中,研究人员发现了中间产物脱氧尿嘧啶(dU)的生成特性,并因此开发出名为Detect-seq的CBE体外脱靶检测技术。该技术的操作流程首先涉及提取经过编辑的细胞基因组DNA,然后对CBE生成的dU进行生物素标记以富集目标片段。同时,在dU位点下游,研究人员将正常的胞嘧啶C替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),随后使用化学方法将d5fC标记为T。通过这种方式,在测序过程中可以观察到众多C-to-T突变的串联信号,进而快速定位基因编辑的具体位点。

与现有的GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder技术相比较,Detect-seq展现出更高的灵敏度和特异性,并且检测过程中没有偏好性。这使得它不仅能够识别Cas9依赖型与非依赖型的脱靶效应,还能够探测到sgRNA结合区域外的编辑(out-of-protospacer edits)和靶向链编辑(target-strand edits)中的脱靶情况。

在基因编辑安全性评估方面,舒桐科技在过去两年中打造了一站式平台,覆盖了靶点设计、靶点筛选、GUIDE-seq脱靶检测(细胞基础检测)、AID-seq脱靶检测(生化检测)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析、转录组脱靶检测以及全基因组脱靶检测等多种管线。作为业内的佼佼者,人生就是博-尊龙凯时不断致力于为客户提供优质、高效、安全的基因编辑服务与产品,同时我们拥有SGS认证、ISO9001质量体系认证及生物安全二级实验室等资质认证,以确保服务的持续稳定性和客户的信任。